普通PCR的擴增參數一般涉及到溫控、恒溫時間、循環次數。
溫度我們可分為變性溫度、退火溫度，延伸溫度；而PCR反應變性的溫度一般是在92~98℃之間進行，合理的退火溫度從55℃~70℃。退火溫度一般設定比引物的Tm低5℃，延伸溫度PCR反應的延伸溫度一般選擇在70～75℃之間，常用溫度為72℃，過高的延伸溫度不利于引物和模板的結合。
變性溫度與時間
變性溫度不夠，靶核酸解鏈的不完全是PCR失敗的主要原因。通常93~94攝氏度1分鐘就足夠可以使模板DNA變性；溫度不能過高且時間不能過長，這樣會損害Taq DNA聚合酶的活性。
退火溫度與時間
PCR實驗，變性溫度快速的降至退火溫度，那么變性的DNA又可復性，重新形成雙鏈。而模板DNA比引物長且復雜，所以模板DNA與引物之間的結合比模板DNA與模板DNA結合會更容易。退火的溫度與時間，取決于引物的長度、堿基的組成、濃度和靶核酸的長度等。為了減少引物與模板之間的非特異性復性，可以適當的選擇較高的復性溫度。復性時間一般在30~60s，可以使引物與模板之間可以充分的復性。
延伸溫度與時間
延伸溫度一般選在70~75℃之間，溫度過高、過低都不易使引物與模板之間的結合；延伸時間一般根據待擴增片段的長短來定的。
循環次數
PCR的循環次數是由模板模板DNA的濃度所決定的。一般在30~40次，次數越多，非特異性產物也就越多。
